Trong hơn một tuần sau bạo động tại Jakarta, cư dân địa phương lo ngại cho an toàn của bản thân và ở trong nhà. Hầu hết các ngân hàng, doanh nghiệp, và tòa nhà công cộng vẫn đóng cửa tại các thành phố lớn trên toàn quốc. Một số văn phòng chính phủ mở cửa trở lại nhằm kỷ niệm ngày Nhận thức quốc gia 20 tháng 5. Bất chấp các lo ngại rằng bạo động có thể tệ hơn, chỉ có ba sự kiện cổ phát sinh tại các thành phố nhỏ.[44] Số liệu thương vong tại thủ đô có mâu thuẫn, tổ chức những Người tình nguyện vì Nhân đạo (tiếng Indonesia: Tim Relawan untuk Kemanusiaan, TRuK) phi chính phủ tường thuật có 1.109 người thiệt mạng do hỏa hoạn, 27 người bị bắn chết, 91 người bị thương, và có thêm 31 người mất tích. Cảnh sát báo cáo có 463 trường hợp tử vong và 69 trường hợp bị thương, trong khi chính quyền Jakarta báo cáo có 288 trường hợp tử vong và 101 trường hợp bị thương.[45][46] Thiệt hại về tài sản ước tính là 2,5 nghìn tỷ Rupiah (238 triệu USD),[47] chính quyền thủ đô báo cáo có 5.723 tòa nhà và 1.948 xe cộ bị phá hủy, trong khi cảnh sát báo cáo 3.862 tòa nhà và 2.693 xe.[46] Thiệt hại tại Surakarta ước tính là 457 tỷ Rupiah (46 triệu USD), người Hoa Indonesia chịu hầu hết thiệt hại vật chất.[48]

Các thành viên của Đội điều tra sự thực chung do Habibie bổ nhiệm cho rằng nhiệm vụ tìm kiếm sự thực đằng sau bạo lực bao gồm việc đưa ra kết luận và có kiến nghị. Mặc dù họ được tiếp cận với các thành viên trong giới tinh anh quân sự, song các phát hiện của họ xung đột với quân đội và chính phủ.[49] Các quan chức chính phủ và giới tinh anh quân sự bác bỏ hoặc phớt lờ các phát hiện của đội. Các đoạn trong báo cáo cũng không được truyền thông quốc gia thừa nhận.[50] Hội nghị Hiệp thương Nhân dân cuối cùng tuyên bố bạo động là các hành vi "tội ác thông thường".[29] Sự sụp đổ của chính phủ Soeharto làm kịch liệt hóa các phong trào ly khai tại các tỉnh Aceh, Irian Jaya, và Đông Timor. Các xung đột dân tộc và tôn giáo cũng bùng phát tại Maluku và Trung Sulawesi do tình trạng pháp luật và trật tự xấu đi. Trong một trưng cầu ý kiến vào tháng 1 năm 1999 trên The Jakarta Post, 77% số người trả lời xếp mức độ an ninh công cộng là tệ hoặc rất tệ.[51] Các điều kiện kinh tế tiếp tục biến động trong vài tháng đầu trong nhiệm kỳ tổng thống của Habibie, và Cảnh sát quốc gia báo cáo rằng tội phạm tăng 10% trong năm 1998.[52]

Trong lo sợ, từ 10.000[53] đến 100.000[54] người Hoa đào thoát khỏi Indonesia. Hàng nghìn ngoại kiều cũng rời khỏi Indonesia, một số người được đại sứ quán nước họ sơ tán.[55]

Có hàng chục tường thuật về việc phụ nữ người Hoa bị cưỡng hiếp.[56] Một số nguồn ghi rằng trên 1.500 người bị giết và trên 468 (168 nạn nhân chỉ tại Jakarta) người bị hiếp dâm tập thể trong bạo động.[57] TRUK tường thuật có 168 trường hợp tấn công tình dục, 152 tại Jakarta và 16 tại Surakarta, Medan, Palembang, và Surabaya; trong số các nạn nhân có 20 người thiệt mạng cho đến 14 tháng 7 năm 1998.[25] Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ ghi rằng:

Sau bạo động, các cáo buộc hiếp dâm tập thể quy mô lớn phụ nữ người Hoa trở thành một tin tức quốc tế hàng đầu, buộc Chính phủ thành lập một đội điều tra sự thực để điều tra về bạo động và hiếp dâm. Đội phát hiện ra các phần tử của lực lượng đặc biệt quân đội Indonesia (Kopassus) có dính líu đến bạo động, một số trong đó cố tình kích động. Hội đồng Nhân quyền Liên Hiệp Quốc đến Indonesia cũng xác nhận 66 nạn nhân bị hiếp dâm ra trình diện, đa số họ là người Hoa Indonesia, cũng như nhiều hành động bạo lực khác chống lại phụ nữ

— [39]

Cáo buộc quân đội tham dự

Dựa trên các báo cáo về sự thiếu hoạt động của quân đội trong bạo động, Đội điều tra sự thực chung đưa ra một cáo buộc chưa từng có chống lại giới tinh anh quân sự. Đội kết luận rằng "Lực lượng vũ trang không lường trước được bạo động, thiếu liên lạc giữa sở chỉ huy và thực địa, và như một hệ quả là lực lượng phản ứng chậm chạp trong hầu hết trường hợp và đôi khi là không làm gì".[45] Các binh sĩ bị cáo buộc cho phép bạo động tiếp tục tại một số khu vực, trong khi những người khác lưỡng lự trong việc khai hỏa vào thường dân phù hợp với học thuyết lực lượng vũ trang.[58] Bằng chứng về quyết định từ "các cấp cao nhất" của chính phủ khiến đội kết luận bạo lực là "một nỗ lực nhằm tạo một tình thế nguy cấp mà theo đó yêu cầu hình thành một chính phủ ngoài hiến pháp nhằm kiểm soát tình hình". Tuy nhiên, các thành viên của đội thừa nhận rằng câu chuyện thiếu một liên kết quyết định giữa quân đội và những người bạo động.[59]

Điều tra tiết lộ rằng bạo lực tại Jakarta là kết quả của một đấu tranh nội bộ trong giới tinh anh quân sự để trở thành người kế nhiệm Suharto, hiển nhiên rằng các khu vực chịu thiệt hại nằm gần các căn cứ quân sự cùng một số báo cáo rằng những người tổ chức bạo loạn có đặc điểm giống như người của quân đội.[60] Nhiều người cho rằng tư lệnh Kostrad là Prabowo Subianto tìm cách kế vị cha vợ và thèm muốn vị trí tư lệnh các lực lượng vũ trang của Wiranto, là người được ủng hộ để kế vị Suharto. Ông cũng bị tình nghi tổ chức các vụ bắt cóc sinh viên và nhà hoạt động trước bầu cử năm 1997. Cùng với Sjafrie Sjamsoeddin, Prabowo nhắm mục tiêu khủng bố các đối thủ của chính phủ và để thể hiện rằng Wiranto là "một tư lệnh bất tài không thể kiểm soát rối loạn".[29][61] Trong các tháng 8 và 9, đội điều tra sự thực phỏng vấn Prabowo, Sjafrie, và các tư lệnh quân đội khác về các hành động của họ trong bạo động Jakarta. Prabowo khẳng định rằng ông không rõ về di chuyển chính xác của quân đội trong thủ đô và làm theo Sjafrie.[62] Trong khi đó, Sjafrie mập mờ trong lời khai và nói rằng lực lượng an ninh đã bảo vệ "các địa điểm ưu tiên".[63]

Trong báo cáo ban đầu, đội điều tra sự thực nghi ngờ rằng vào tối ngày 14 tháng 5, Prabowo họp với một số nhân vật lực lượng vũ trang và dân sự nổi bật tại trụ sở của Kostrad để thảo luận về tổ chức bạo lực.[59] Tuy nhiên, điều này sau đó bị một số người tham dự cuộc họp bác bỏ, trong đó có luật sư nhân quyền Adnan Buyung Nasution và thành viên của Đọi điều tra sự thực chung là Bambang Widjojanto.[64] Những chứng cứ tiếp theo về Prabowo trong những năm sau đó mâu thuẫn với báo cáo của đội và dẫn đến sự hoài nghi về các cáo buộc của đội.[65] Khi Suharto từ nhiệm vào ngày 21 tháng 5, cả Prabowo và Wiranto đều bị bỏ qua để tán thành chuyển giao quyền lực theo hiến pháp cho Phó Tổng thống Habibie.[61] Prabowo bị chuyển sang một chức vụ không có thực quyền vào hôm sau, rồi bị cho giải ngũ trong tháng 8. Ông và Wiranto phủ nhận việc bị giải ngũ là một kết quả của hành động kỷ luật.[66]